序一序二序三例言卷上疡证总论疡科调治心法略义申明外疡实从内出论辨脑疽对口论脑疽后论辨百会疽玉枕疽论辨夭疽锐毒虚实论辨大头瘟抱头火丹毒论辨鬓疽额疽论辨凤眉疽眉心疔眉发论辨眼丹眼漏论辨眼胞菌毒眼胞痰核论辨
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
小引凡例卷上补可扶弱四君子汤六君子汤香砂六君子汤五味异功散香砂六君子汤论补中益气汤当归补血汤保元汤独参汤四物汤八珍汤十全大补汤人参养荣汤天王补心丹六味地黄丸桂附地黄丸还少丹龟鹿二仙胶圣愈汤十味地黄丸正
第1部分第2部分第3部分
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分
自序心部药队补心猛将北五味酸枣仁柏子仁远志肉丹参龙眼肉麦门冬当归次将白芍药茯苓神猪心血琥珀淮小麦合欢皮龙角泻心猛将牛黄石菖蒲黄连木通辰砂犀角次将山栀仁连翘通草车前子叶竹卷心灯心莲子心石莲子安息香乳香金
本草乘雅半偈自序本草乘雅义例别录〔衍〕本草乘雅凡例乘雅半偈采录诸书大意第一帙紫芝青芝赤芝黄芝白芝黑芝人参甘草黄蓍实菟丝子莲实茯苓柏实云母丹砂菖蒲赤箭薯蓣干地黄枸杞菊花麦门冬太一余粮石钟乳龙骨蜂蜜第二帙
卷上痘疹发微惊风卷中论望色论芤脉论人参论犀角杂记卷下三疟治验神水治验制神水秘法妇科验方
曹序自序序例卷之一·阴阳脏腑部阴阳五脏卷之二·阴阳脏腑部诊法通论诊虚实法、诊寒热法（俱入治法）诊病传变（诊病将死期入诊生死条）诊病愈剧诊生死诸脉诊病杂法诊一岁病证相同卷之三·阴阳脏腑部治法通论倒仓法药
新刻《儒门事亲》序重刊《儒门事亲》序《儒门事亲》后序卷一七方十剂绳墨订一指风痹痿厥近世差玄说二立诸时气解利禁忌式三疟非脾寒及鬼神辩四小儿疮丹瘾疹旧蔽记五证妇人带下赤白错分寒热解六霍乱吐泻死生如反掌说七